Macroinvertebrados bentônicos como bioindicadores de qualidade de água;
Decomposição de matéria orgânica alóctone em riachos de atitude.

Bioinformática e genômica;
Evolução Sistêmica e Molecular;
História natural animal;
História natural humana.

Desenvolvimento de novas vacinas contra a linfademite caseosa .
Objetivos: Desenvolver uma vacina efetiva;

Desenvolvimento de vacina com a bactéria viva contra a linfademite caseosa.
Objetivos: Desenvolver uma vacina efetiva;

Estudos do Genoma de Schistossoma mansoni, Brucella abortus e Corynebacterium pseudotuberculosis.
Objetivos: Descoberta gênica para estudos de regulacao da expressào gênica, virulência e patogenicidade e para o desenvolvimento de novas vacinas ou kits de diagnósticos;

Identificação de genes bacterianos envolvidos em virulência e patogênese microbiana.
Objetivos: Compreensão da patogenia da doença;

Novas Utilizações Biotecnológicas e Terapêuticas das Bactérias Lácticas.
Objetivos: Desenvolvimento de produtos biotecnológicos;

Projeto Genoma de Schistosoma mansoni.
Objetivos: Estudo da biologia do parasita;

Vacinas Gênicas
Objetivos: Desenvolvimento de vacinas de terceira geração.

Identificação de bactérias de interesse biotecnológico e bactérias patogênicas de interesse em saúde pública por Multiple-Locus 1. Sequence Typing (MLST) e análise de restrição.
Objetivos: Desenvolver metodologias baseadas em polimorfismos de DNA para a identificação ao nível de espécie de isolados de bactérias láticas de interesse biotecnológico (p.ex, Lactobacillus) e bactérias patogênicas de interesse em saúde pública (p. ex., Leptospira) por PCR-RFLP dos genes 16S-23S rRNA, rpoB, e outros;

Identificação de vírus da dengue em mosquitos e humanos por técnicas de Biologia Molecular.
Objetivos: O objetivo é desenvolver metodologias de Biologia Molecular, em nível protéico e de ácidos nucléicos, para a identificação de infecções por vírus da dengue em mosquitos capturados no Monitoramento Inteligente da Dengue e em pacientes na fase aguda da doença;

Vacinas orais vivas veiculadas em bactérias probióticas para imunização animal contra doenças infecciosas.
Objetivos: Isolar, identificar e caracterizar novas linhagens de lactobacilos de frangos de corte com propriedades probióticas. Modificar estas linhagens geneticamente para expressar antígenos de Eimeria ou outros agentes patogênicos. Vacinar frangos de corte com lactobacilos recombinantes modificados geneticamente e desafiar com diferentes espécies de Eimeria spp ou outros patógenos;

Qualidade de água;
Ciclo do carbono e produtividade primária;
Bioacumulação de metais pesados e pesticidas por cianobactérias;
Avaliação da biodiversidade aquática.